尽管日本国内疫情形势依然严峻，从管控到疫苗都做得不够到位，但奥运机遇难得，日本倾尽全力也要如期举办，但同样搞得一地鸡毛。
早在2020年11月，日本奥组委就制订过有关外国选手的防疫措施，但并不严谨，漏洞很多。
6月初，乌干达奥运代表团抵达日本，一名选手在机场被确诊感染新冠，但按照当时的防疫措施，其他同行成员居然没有被确定为密切接触者并接受隔离，离开机场后就乘车前往集训地了。
结果，其中一名选手随后在集训地确诊，这个时候其他选手和多名日方接待人员才被确认为密切接触者，并进行隔离。
此事引发了日本国内的强烈不满，也让其他国家的代表团忧心忡忡，促使日本方面计划修改针对外国选手的防疫规定。
广告根据新的规定，如果外国代表团中出现一例新冠病毒感染者，其他一起集训的选手和教练等人员，将在酒店中全员、单独隔离，直到确认不(最小的合数是几？最小的合数是4。合数是指自然数中除了能被1和本身整除外，还能被其他数（0除外）整除的数。自然数从0开始。)是密切接触者，而且核酸检测结果阴性后，才可以自由活动。
此外，日本政府还计划要求外国选手做到：集体用餐时保持沉默；选手乘坐大巴全程佩戴口罩，车内用帘子隔离，不能进入服务区；大巴司机和同行日方人员，避免与选手使用同一卫生间。
此前，东京奥运会的菜单也引发巨大争议，其中包含福岛食品，韩国代表团因此决定自备盒饭，并反问日本哪里来的自信。
3月25日开始的东京奥运会火炬接力，目前已经抵达东京周边，将在7月9日进入东京都，开始14天的城市内传递，将避开公共道路，在封闭场所内举行，只有15-16日在海岛上的传递正常举行。
东京都6月21日解除紧急状态，此后新冠确诊病例一直呈上升趋势。有专家警告，随着解除紧急状态后人流的增长，传染性很强的变异新冠病毒也在快速传播。