明神宗继位时，年纪还小，国家大事完全由大学士张居正决定，张居正实际上行使了皇帝的职责，他可以指挥东厂和锦衣卫对贪官污吏进行调查;随时可以用以前只属于皇帝的权力进行惩罚，还对以往独立的都察院进行控制，以避免以前弹劾奏章满天飞的情况。
他不但起用水利专家潘季驯、名将戚继光、李成梁等人，还派人清量全国土地、创立‘一条鞭法’，而且利用科道以加强行政纪律，他要求科道官员们运用他们的弹劾权力支持他的计划，而不要在琐碎而肤浅的问题上互相攻击，张居正要求报告中提及的任何问题都必须在按时解决。
他要求富人的欠税必须全部征收，盗匪必须全部捕获，还要求中央每月和每半年要总结任何没有完成的公务，不然长官就要受罚。
总之，张居正就象凤姐掌管宁国府一样，在不对行政机构进行改革的前提下，通过施加压力，使明朝的国家机构以惊人的高效进行运转。
同样，他也受到过惯了好日子的官僚们的憎恨。
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