mirna靶基因分析（常用microRNA靶基因预测工具）Mirna靶基因分析(常用microRNA靶基因预测工具)
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MiRNA是科研的新手朋友。
MicroRNA的研究一直是国内外研究的热点领域。每年都会发表大量microRNA相关的文章或进行相关的基金申请。microRNA功能研究最重要的是其靶基因的确认。今天荷叶介绍一些预测MicroRNA靶基因的常用工具。
一个
预测软件
网站:新http://www.targetscan.org/vert_72/
http://www.targetscan.org/mamm_31/的旧版本
TargetScan使用起来非常简单方便。输入一个基因的名称可以发现，一个基因的3’UTR可能作用于多个microRNA。最新版本的TargetScan还将迄今为止发现的3个“UTR”列表人性化了。输入微小核糖核酸的名称，找出微小核糖核酸可能作用的各种目标基因。
图1在TargetScan网站找到目标基因的候选miRNA。
图2在TargetScan网站搜索靶miRNA的候选靶基因
2
miRcode
网站:http://www.mircode.org/index.php
与TargetScan相比，miRcode主要增加了ncRNA和非3’UTR区域的检索。
图3 miRcode miRNA靶基因预测包括ncRNA
三
miRDB
网站:http://www.mirdb.org/cgi-bin/search.cgi
MiRDB的功能比TargetScan多，除了搜索3’UTR区域，还可以搜索编码区域和5’UTR区域，匹配给定序列。
图4 miRDB预测靶基因或搜索候选miRNA
图5 miRDB可以筛选给定序列或非3’UTR
四
RNA22
地址:https://cm . Jefferson . edu/data-tools-downloads/RNA 22- 预测/
RNA22与miRDB类似，可以预测miRNA的靶基因，以及mRNA、LincRNA和LncRNA (RNA 22可视化工具)的候选作用。此外，它还具有在线预测特定基因序列和特定miRNA序列作用位点的强大功能(RNA22动态预测工具)。
图6 RNA22预测miRNA靶基因
图7 RNA22预测了miRNA和特定候选序列的结合位点。
五
其他预测工具
microrna.org
网站:http://www.microrna.org/microrna/home.do
PicTar
网站:https://pictar.mdc-berlin.de/
皮塔饼
网站:https://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_dyn_data.html
六
基于实验数据的MiRNA靶基因文库
星际基地
网站:http://starbase.sysu.edu.cn/
StarBase收集了基于Ago-Seq数据的miRNA与mRNA和各种ncRNA的相互作用结果。值得注意的是，各种肿瘤中miRNA和靶基因的表达水平通过散点图和直方图绘制。
图8星基数据库
图9 starBase分析肿瘤中miRNA和靶基因的表达。
微数据库
网站:http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php
图10 miRTarBase包含检测到的miR-Target数据。
TarBase
网站:
http://Carolina . IMIS . Athena-innovation . gr/Diana _ tools/web/index . PHP？r=tarbasev8%2Findex/
图11 TarBase数据库
这些数据库包含通过各种手段检测到的miR-Target数据，研究人员可以检查目标基因是否已经被研究或研究程度等。
MiRNA靶基因预测往往需要多种预测工具。希望荷叶介绍的工具对你做水稻RNA研究有帮助。
—结束—
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